Quảng Tạ Chí Chùa nguyên là một mái am tranh, đơn sơ do Hòa thượng Thích Đạt Từ làm trụ trì nằm trong khu lao động đông đúc. Năm 1957, HT.Thích Đạt Từ vì lớn tuổi đã truyền quyền trông coi ngôi chùa cho chư Ni. Năm 1959, chùa Từ Nghiêm được Ban quản trị tái thiết đến ba năm sau mới hoàn thành. Từ năm 1960 đến 1975, chùa là nơi đặt trụ sở của Ni bộ Bắc tông.
Dưới sự lãnh đạo của Sư bà Thích nữ Như Thanh, ngôi chùa Từ Nghiêm từ một ngôi chùa nhỏ bé trở thành một điểm sáng tu tập, nơi đây được coi là cái nôi tu học của Ni giới, một Ni trường đào tạo nhiều thế hệ chư Ni miền Nam thời bấy giờ.
Ngoài ra, quý Sư bà đã chủ trương xã hội hóa giáo dục, giúp đỡ về y tế, chăm cô nhi. Với chủ trương đó, trú xứ chùa Từ Nghiêm mở 3 lớp mẫu giáo cho con em nghèo không có tiền đóng học phí. Một số chùa Ni trong Ni bộ Bắc tông cũng tham gia như Huê Lâm (Q.11) mở Trường Mẫu giáo Kiều Đàm, chùa Huệ Lâm (Q.8) mở Trường Tiểu học Ký Nhi…
Chùa hiện lưu giữ nhiều hiện vật có giá trị liên quan đến di tích kiến trúc Phật giáo, là địa chỉ gắn liền với nhiều cuộc đấu tranh đòi hòa bình, chống chế độ kỳ thị, đàn áp tôn giáo năm 1963 và các năm sau đó, là nơi Phật tử Nhất Chi Mai tự thiêu cầu nguyện hòa bình cho Việt Nam.
Chùa Từ Nghiêm là di tích kiến trúc tôn giáo - lịch sử của TP.HCM, được công nhận từ năm 2009.
