Nguyễn Minh Đức Qua cầu Nguyệt Tiên nối với con đường lên núi. Trên núi có chùa Cao, vốn là Hiển Thụy am, còn có tên là Đỉnh Sơn Tự, là nơi Thiền sư Từ Đạo Hạnh đến tu đầu tiên. Trên vách chùa còn khắc những bài thơ tức cảnh của Nguyễn Trực và Nguyễn Thượng Hiền. Tương truyền rằng động Phật Tích ở sau chùa là nơi Ngài Từ Đạo Hạnh thoát xác để đầu thai làm vua Lý Thần Tông, nên còn gọi là hang Thánh Hóa.
Phía trên chùa Cao, trên đỉnh núi có một mặt bằng gọi là chợ Trời với nhiều tảng đá hình bàn ghế, kệ bày hàng, ly rượu,... trong đó có một phiến đá nhẵn lì được gọi là bàn cờ tiên. Có lẽ nơi đây ngày xưa các bậc trích tiên vẫn ngồi chơi cờ, uống rượu, thưởng trăng và ngâm thơ.
Từ chùa Cao, đi vòng ra phía sau là hang Cắc Cớ, là nơi tình tự của trai gái ngày xưa trong những ngày hội hè, như ca dao đã ghi lại:
Gái chưa chồng trông hang Cắc Cớ,
Trai chưa vợ nhớ hội chùa Thầy.
Đi ngược lên trên là đến đền Thượng. Gần đền Thượng có hang Bụt Mọc với nhiều tảng đá được thời gian bào mòn trông như tượng Phật. Tiếp đó là hang Bò với lối vào âm u. Cách một đoạn là đến hang Gió với những ngọn gió thổi thông thốc cả hai đầu.Dưới hang gió có một lối đi nhỏ là hang của Bác ngày xưa xuống để phòng ngự đánh giặc.
Ở chân núi phía Tây còn có chùa Bối Am, còn gọi là chùa Một Mái, chùa có tên như vậy là vì chùa chỉ có một mái ngói, mặt sau chùa dựa vào vách núi. Truyền thuyết ở khu vực chùa Bối Am, thuộc phạm vi căn cứ Đỗ Động Giang xưa cho biết: Trước kia có một toán quân của Lã Đường tự Lã Tá Công, một trong Thập nhị sứ quân, bị vây hãm trong hang núi và bị chết đói hết cả.[1] Điều này chứng tỏ đã có một cuộc tấn công của sứ quân Lữ Đường tới lãnh địa sứ quân Đỗ Cảnh Thạc, chiếm đóng tại đây.
Như vậy, quanh núi Thầy, ngoài chùa Thầy còn có cả một cụm kiến trúc Phật giáo được xây dựng trong những khoảng thời gian khác nhau.
Trong một bài ký ghi trên vách núi, Chúa Trịnh Căn đã phác họa cảnh chùa Thầy "như viên ngọc nổi lên giữa đám sỏi đá, rạng vẻ xuân tươi khắp cả bốn mùa. Động trên hệt như cõi thanh hư, bên vách còn in mây ráng. Ao rồng thông sang bến siêu độ, cầu tiên Nhật Nguyệt đôi vầng. Hình tựa bình phong, sông như dải lụa"
