Anh Quốc Phùng Chùa Quốc Ân thường được gọi là Tổ đình Quốc Ân, nằm gần núi Bân (nơi Nguyễn Huệ làm lễ tế trời lên ngôi Hoàng đế), ở phía Tây núi Ngự Bình, nay thuộc phường Trường An.
Vị khai sơn là sư Nguyên Thiều, người gốc phủ Triều Châu, tỉnh Quảng Đông (Trung Hoa), vượt biển sang xứ Đàng Trong năm Đinh Tỵ (1677), ban đầu vào phủ Quy Ninh (Quy Nhơn) dựng chùa Thập Tháp Di Đà, khoảng năm 1680 ra Thuận Hóa, tu ở chùa Hà Trung (xã Vinh Hà, huyện Phú Vang), rồi lên Phú Xuân dựng chùa Vĩnh Ân và tháp Phổ Đồng. Sư Nguyên Thiều đã được chúa Nguyễn Phúc Thái trọng vọng, cho miễn thuế đất và ban tên chùa là chùa Quốc Ân (1689), rồi cử sang Quảng Đông mời danh tăng, thỉnh pháp khí và tượng Phật đưa về Huế. Nhà sư còn được chúa cử làm Trú trì chùa Hà Trung nhưng vẫn ở tại Quốc Ân để hoằng pháp cho đến lúc viên tịch năm Mậu Thân 1728. Tháp mộ an táng sư Nguyên Thiều tại làng Dương Xuân (nay là phường Thủy Xuân), chúa Nguyễn Phúc Thụ đã “ngự bút” bài văn, khắc vào bia ở bình phong hậu của tháp.
Chùa bị hoang phế dưới thời Tây Sơn, năm 1805 được Trưởng Công chúa Ngọc Tú tái thiết bằng tre, gỗ, lợp mái tranh và đại trùng tu dưới thời Minh Mạng, Thiệu Trị.
Khuôn viên chùa rộng 5.000m2, diện tích các công trình kiến trúc khoảng 550m2. Cổng tam quan quay hướng Tây Nam, gồm bốn trụ, với biển đề “Quốc Ân Tự”, chung quanh chùa không có la thành. Bên phải sân, ở tầng cao là tấm bia đá cao 1,6m, rộng 0,72m, khắc bài văn về tiểu sử Hòa thượng Nguyên Thiều do chúa Nguyễn Phúc Thụ soạn, chạm nổi hai chữ Hán “Sắc tứ” và dấu triện “Đại Việt Quốc vương chi ấn”. Đây là tấm bia phục chế theo mẫu tấm bia ở bình phong hậu của tháp mộ ngài Nguyên Thiều. Phía đối diện cũng có một tấm bia đang để trống. Cạnh hai tấm bia là hai am thờ Thiên Y A Na và Ngũ hành. Kiến trúc chùa theo hình chữ khẩu: Tiền đình chánh điện ở trước, nhà tăng phía Tây, nhà khách và nhà ăn phía Đông, nhà thờ linh phía sau. Nội thất chánh điện có nhiều di vật cổ như tấm biển “Sắc tứ Quốc Ân Tự”, hai đôi liễn do “Từ Tế đạo nhân (chúa Nguyễn Phúc Khoát) ngự đề”.
Chùa Quốc Ân có giá trị lớn đối với lịch sử Phật giáo ở Huế, là tổ đình đầu tiên của Thiền phái Lâm Tế từ Trung Hoa truyền sang cuối thế kỷ XVII.
